Flagella er lange, pisklignende vedhæng, der roterer for at drive bakterierne gennem deres miljø. Der er forskellige arrangementer af Flagella, såsom:
* monotrichous: Én flagellum i den ene ende.
* lophotrichous: En tuft af flagella i den ene ende.
* amfitrichous: Flagella i begge ender.
* peritrichous: Flagella over overfladen.