Mens han faktisk ikke opdagede celler, var han den første til at observere og beskrive dem i 1665. Han undersøgte tynde skiver kork under et mikroskop og observerede små rum, som han kaldte "celler" på grund af deres lighed med cellerne i et kloster.
Det er dog vigtigt at bemærke, at Hooke observerede cellevæggene i døde planteceller, ikke de levende celler selv. Opdagelsen af levende celler tilskrives Anton van Leeuwenhoek , der i slutningen af 1600 -tallet brugte sine forbedrede mikroskoper til at observere levende organismer som bakterier, protozoer og røde blodlegemer.