Hvilken type gen eller kombination kan være til stede i en generation uden at påvirke fænotype?

* recessive alleler: Hvis en person har to eksemplarer af en recessiv allel, vil de udtrykke træk, der er forbundet med den allel. Men hvis de kun har en kopi af den recessive allel og en kopi af den dominerende allel, vil de ikke udtrykke egenskaben. De er bærere af den recessive allel, hvilket betyder, at de kan videregive den til deres afkom.

* ufuldstændig dominans: I nogle tilfælde er hverken allel helt dominerende over den anden. I stedet udviser den heterozygote individuelle en fænotype, der er en blanding af de to homozygote fænotyper. Dette kan observeres i Snapdragon -blomsterfarve, hvor en rød blomster krydset med en hvid blomst producerer lyserøde afkom.

* codominance: Ved kodominans udtrykkes begge alleler ligeligt i det heterozygote individ. I blodtype AB udtrykkes for eksempel både A- og B -allelerne, hvilket resulterer i en fænotype, der adskiller sig fra enten homozygot genotype.

* epistase: Dette forekommer, når ekspressionen af et gen maskerer ekspressionen af et andet gen. I Labrador -retrievere er genet for frakkefarve (sort eller brun) for eksempel epistatisk for genet for pelspigment (tilstedeværelse eller fravær af pigment). En hund med to eksemplarer af den recessive "E" allel ved pigmentlokalet vil være gul uanset dens genotype på Coat Color Locus.

* stille mutationer: Disse mutationer ændrer ikke aminosyresekvensen af et protein. Derfor påvirker de ikke fænotypen.

* ikke-kodende DNA: En betydelig del af genomet er ikke-kodende DNA. Dette DNA indeholder ikke instruktioner til opbygning af proteiner og bidrager ikke direkte til fænotypen.

Det er vigtigt at bemærke, at selv hvis et gen ikke udtrykkes i en fænotype, kan det stadig være til stede i individets genom og kan overføres til deres afkom.