Hvad bestemmer, hvordan DNA vil blive skåret af et begrænsningsenzym?

1. Genkendelsessekvens:

* specificitet: Hvert begrænsningsenzym genkender en specifik, kort sekvens af DNA -nukleotider. Denne sekvens er typisk 4-8 basepar lang og kaldes genkendelsessekvens eller restriktionssted .

* palindromisk natur: Mange genkendelsessekvenser er palindromiske, hvilket betyder, at de læser den samme baglæns og fremad på de modsatte DNA -strenge. For eksempel genkender enzymet EcoRi sekvensen Gaattc, som er den samme, hvis du læser den fra højre til venstre på den komplementære streng (CTTAAG).

2. Spaltning:

* Skæring: Når restriktionsenzymet finder sin genkendelsessekvens, skærer det DNA -molekylet på et specifikt punkt inden for denne sekvens.

* klæbrige ender vs. stumpe ender: Den måde, et begrænsningsenzymskæring kan producere enten "klæbrige ender" eller "stumpe ender."

* klæbrige ender: Enzymet skærer DNA-strenge i forskellige positioner, hvilket efterlader korte enkeltstrengede overhæng, der kan basepar med komplementære overhæng fra andre DNA-molekyler skåret med det samme enzym. Dette er nyttigt til at skabe rekombinante DNA -molekyler.

* stumpe slutter: Enzymet skærer begge dele af DNA i samme position og efterlader ingen overhæng.

Kortfattet:

Følgende faktorer bestemmer, hvordan et begrænsningsenzym vil skære DNA:

* den specifikke genkendelsessekvens af enzymet.

* placeringen af den sekvens inden for DNA -molekylet.

* Det specifikke spaltningsmønster af enzymet (klæbrige ender vs. stumpe ender).

Eksempel:

Enzymet Ecori skærer DNA ved sekvensen GAATTC og producerer klæbrige ender. Dette betyder, at det vil skære ethvert DNA-molekyle, der indeholder denne sekvens, og de resulterende DNA-fragmenter vil have enkeltstrengede overhæng, der kan bruges til kloning eller andre genetiske manipulationer.