Hvilken proces forekom ofte i den tidlige historie af tre domæner på jorden og gør det til at bestemme fylogenetiske forhold, som tiden er vanskelig?

Her er hvorfor:

* Tidlig jord var en gendelingssuppe: I de tidlige dage af livet på jorden var miljøet meget anderledes. Organismer var enklere, og cellemembraner var mere permeable. Dette muliggjorde den frie udveksling af genetisk materiale mellem forskellige linjer, selv på tværs af domæner.

* sløring af forfædres linjer: HGT er overførsel af genetisk materiale mellem organismer, der ikke er direkte relateret gennem nedstigning. Denne proces slører linjerne i traditionel aner, hvilket gør det vanskeligt at spore den evolutionære historie for et gen eller organisme.

* komplicerede evolutionære historier: HGT introducerer komplekse evolutionære forhold, hvor et gen i en organisme muligvis har stammet fra en helt anden afstamning. Dette gør det vanskeligt at rekonstruere livets træ, der udelukkende er baseret på gensekvenser.

for at opsummere: Mens lodret genoverførsel (fra forælder til afkom) er den primære arvemåde, var HGT en betydelig faktor i den tidlige livsudvikling på jorden. Det komplicerer signifikant bestræbelserne på at forstå de evolutionære forhold mellem de tre domæner (bakterier, archaea og eukarya).