Videnskab
 science >> Videnskab >  >> Fysik

Gitterbaseret kontinuerlig analyse af molekylært indre til lægemiddelopdagelse, QSAR og QSPR

En række grid-baserede beregningsteknologier til in silico virtuel screening og molekylært design af nye lægemidler foreslås. Teknologierne er baseret på original CoMIn (Continual Molecular Interior analysis) software.

Den gitterbaserede analyse udføres ved hjælp af en gitterkonstruktion, analogt med mange andre grid-baserede metoder. Yderligere kontinuerlig belysning af molekylær struktur udføres på forskellige måder:

  • Med hensyn til intermolekylære interaktionspotentialer. Dette kan repræsenteres som en superposition af Coulomb, Van der Waals interaktioner og hydrogenbindinger. Alle potentialerne er velkendte kontinuerlige funktioner, og deres værdier kan bestemmes i alle gitterpunkter for et molekyle.
  • Med hensyn til kvantefunktioner såsom elektrondensitetsfordeling, Laplacian og Hamiltonian elektrondensitetsfordeling, potentiel energifordeling, den højeste besatte og den laveste ubesatte molekylære orbitalerfordeling og deres superposition.

For at reducere beregningstiden ved hjælp af kvantemetoder baseret på de første principper, en original kvantefri-orbital tilgang AlteQ foreslås. Alle funktioner kan beregnes ved hjælp af en kvantetilgang på et tilstrækkeligt teoriniveau, og deres værdier kan bestemmes i alle gitterpunkter for et molekyle.

Derefter, Et datasæts molekyler kan overlejres i gitteret for maksimalt sammenfald (eller minimale afvigelser) af potentialerne (i) eller kvantefunktionerne (ii). Metoderne og kriterierne for overlejringen diskuteres. Derefter, der skabes et funktionelt forhold mellem biologisk aktivitet eller egenskab og karakteristika for potentialer (i) eller funktioner (ii). Metoderne til den kvantitative relationskonstruktion diskuteres. Nye tilgange til rationelt virtuelt lægemiddeldesign baseret på intermolekylære potentialer og kvantefunktioner er opfundet.

Varme artikler