Mendel lod derefter F1-planterne selvbefrugte. F2-generationen producerede både gulfrøede og grønfrøede planter i et forhold på ca. 3:1. Dette resultat antydede, at F1-planterne var heterozygote for frøfarve, hvilket betyder, at de bar både den dominerende allel for gule frø og den recessive allel for grønne frø.
Mendels første eksperiment gav bevis for den partikelformige natur af arv og dominansen af visse alleler over andre. Det lagde også grundlaget for hans efterfølgende eksperimenter om nedarvning af flere egenskaber og udviklingen af hans teori om arv.