Der er to hovedtyper af elektronmikroskoper:
* transmissionselektronmikroskop (TEM): Denne type bruger en stråle af elektroner, der passerer gennem prøven, hvilket skaber et billede baseret på de transmitterede elektroner. TEM'er giver høj opløsning og kan forstørre genstande op til en million gange.
* Scanning af elektronmikroskop (SEM): Denne type bruger en fokuseret stråle af elektroner, der scanner overfladen af prøven. Interaktionen mellem elektronerne og prøven skaber signaler, der bruges til at konstruere et billede. SEM'er giver tredimensionelle billeder og er især nyttige til at studere materialernes overflademorfologi.
Begge typer elektronmikroskoper tilbyder betydelige fordele i forhold til lysmikroskoper, såsom:
* Højere opløsning: Elektronmikroskoper kan løse meget mindre strukturer end lysmikroskoper på grund af den meget kortere bølgelængde af elektroner.
* Større forstørrelse: Elektronmikroskoper kan forstørre objekter op til en million gange sammenlignet med et par tusinde gange for lysmikroskoper.
* detaljerede oplysninger om materialer: Elektronmikroskoper kan give information om sammensætningen og strukturen af materialer, der ikke kan opnås med lysmikroskoper.
Elektronmikroskoper bruges i en lang række videnskabelige discipliner, herunder biologi, medicin, materialevidenskab og nanoteknologi.