1. tropisk våd og tør (savanne): Dette er den mest udbredte klimatype i bassinet, der dækker det meste af dets område. Det er kendetegnet ved en tydelig våd sæson (typisk fra maj til oktober) med kraftigt regn, efterfulgt af en lang tør sæson (fra november til april) med lidt til ingen regn. Temperaturerne er generelt højt året rundt med et lille fald i den tørre sæson.
2. semi-arid (steppe): Denne klimatype forekommer i de nordlige og østlige dele af bassinet og grænser op til Sahara -ørkenen. Det får mindre nedbør end Savanna, med en kortere våd sæson og en længere, mere udtalt tør sæson. Temperaturerne er ekstremt varme i løbet af dagen med kølige nætter.
3. tør (ørken): Denne klimatype findes i det langt nord for bassinet i selve Sahara -ørkenen. Nedbør er ekstremt knap, ofte mindre end 100 mm om året. Temperaturerne er meget varme gennem året og når ekstreme højder i sommermånederne.
Dette er bare de største klimatyper i Niger River Basin. Inden for hver af disse er der variationer i nedbør, temperatur og andre faktorer, der bidrager til en mangfoldig række mikroklimater over bassinet.