En visuel database over humane plasmaforbindelser

Forskere i Japan har oprettet en database med metabolitter fra blodprøver indsamlet fra over 5, 000 japanske frivillige, gør det frit tilgængeligt online som en værdifuld ressource for forskere over hele verden.

Metabolitter og proteiner styrer mange af processerne inde i vores kroppe, og informerer også samspillet mellem vores celler og deres omgivelser. Forstå disse forbindelser og hvordan de relaterer til hinanden mere, kunne hjælpe forskere med at evaluere menneskers sundhedstilstand og udvikle nye personlige behandlinger for forskellige sygdomme.

Databasen, hvilken bioinformatikforsker Shu Tadaka fra Tohoku University og hans kolleger kaldte jMorp, indeholder oplysninger om 306 metabolitter og 256 almindelige proteiner, der findes hos mennesker. Dette inkluderer deres frekvens, koncentration, og hvor ofte de optrådte hos mænd eller kvinder og i hvilken alder. Databasen er unik ved, at i stedet for blot at vise rådata, det giver besøgende en chance for at se, hvordan de forskellige metabolitter korrelerer med hinanden grafisk, bane vejen for yderligere undersøgelser for at identificere, hvordan disse metabolitter og proteiner relaterer til hinanden.

"Oplysningerne i jMorp er hentet fra statistiske data, der er skabt ved at samle individuelle data, " siger Tadaka. "En uafhængig komité har omhyggeligt overvejet alle etiske spørgsmål, før de gav os adgang til disse data."

Lignende databaser dækker andre lande eller regioner, såsom Det Forenede Kongerige og Republikken Irland, men nogle har begrænsninger på grund af inkonsekvent dataindsamling eller lille stikprøvestørrelse. Det store antal raske individer, der bidrog med prøver til jMorp, gør det særligt nyttigt. Forskerne indsamlede og analyserede også data ved hjælp af samme metode og på samme institut, hvilket minimerer målefejl. Ud over, de tog ekstra foranstaltninger for at udelukke prøver af lav kvalitet og for at sikre kvalitetskontrol gennem hele indsamlingsprocessen, lagring og analyse af plasmaprøverne. Disse gør jMorp særlig pålidelig som en ressource for videnskabsmænd, især biokemikere og medicinske forskere.

For at gøre det relevant og nyttigt for andre forskere, det japanske team har opsat jMorp i et brugervenligt format, der giver besøgende mulighed for nemt at nå de data, de har brug for, samt pull up sammenligninger og relationer mellem forskellige forbindelser vist visuelt. Brugere kan søge efter den type sammensætning, de leder efter, enten ved navn eller specifikationer. Opsummeringen af ​​dataene kan downloades, og korrelationsgrafer kan gemmes som billedfiler.

Databasen er en løbende indsats, og forskerne producerer opdaterede årlige versioner, efterhånden som de indsamler og analyserer flere prøver. De planlægger også at tilbyde mere indsigt i de metabolitter og proteiner, de dokumenterer, ved at anvende nye analysemetoder.