Kan vi helbrede kræft ved at finde ud af, hvordan to proteiner interagerer?

I et papir offentliggjort i Journal of Biological Chemistry , Dr. Özdemir har undersøgt to proteinfamilier ved navn Rho GTPases og IQGAP'er, som vides at spille en vigtig rolle i kræftmetastaser. Disse to "mistænkelige" proteinfamilier er blevet undersøgt af mange forskere gennem årene, men interaktionen mellem dem var ikke tidligere blevet fuldt ud forstået.

Det er vigtigt at forstå, hvordan metastase, spredning af kræft fra dets primære sted til andre organer, finder sted, da forebyggelse af metastase betyder at holde kræft under kontrol. Det er derfor, Dr. Özdemir valgte at studere disse proteiner, som vides at aktivere metastase.

Kræver en stor mængde sandsynlighedsberegning, undersøgelsen blev kun muliggjort gennem beregningssimuleringsteknikker ved hjælp af meget kraftfulde computere. Forskerne byggede et simuleringsmiljø, hvor mange elementer som vandtætheden i cellen, ionerne og den tredimensionelle struktur af proteinerne blev meget præcist simuleret. Dette gjorde det muligt at observere, hvordan de to proteiner nøjagtigt interagerede, de punkter, de binder til, og hvilke morfologiske ændringer bindingen forårsagede i proteinerne.

Simuleringen tog seks måneder. Undersøgelsen observerede bindingspunkter og sekvens af de to proteiner, hvordan det store protein fandt sit match og hvordan de to komplekse strukturer bandt sammen. Og det blev fastslået, at de komplekse strukturer, der dannede, aktiverede de mekanismer, der udløste metastase i celler.

Dr. og resultaterne viste et nøjagtigt match:Eksperimentet verificerede de data, der blev frembragt gennem computersimuleringerne. Det vigtigste resultat af denne opdagelse vil være dets bidrag til design af et lægemiddel, der er målrettet mod den pågældende mekanisme.

Efter offentliggørelsen i Journal of Biological Chemistry , blandt de mest prestigefyldte tidsskrifter på området, Dr. Özdemirs forskning blev derefter offentliggjort som en del af en speciel samling af tidsskriftet om de mest indflydelsesrige artikler i 2018.