Grundprincippet for en molekylær motor er, at den har et hoved, der binder sig til et specifikt molekyle, kaldet substratet. Hovedet gennemgår derefter en konformationsændring, hvilket får substratet til at bevæge sig. Motoren kan derefter gentage denne cyklus for at flytte substratet i en bestemt retning.
For at skifte gear skal en molekylær motor ændre størrelsen på det skridt, den tager. Dette kan gøres ved at ændre hovedets vinkel eller ved at ændre længden på vægtstangsarmen.
Hovedets vinkel bestemmes af styrken af bindingen mellem hovedet og underlaget. Jo stærkere bindingen er, jo mindre vinklen på hovedet og jo kortere trinstørrelsen.
Længden af vægtstangsarmen bestemmes af afstanden mellem hovedet og omdrejningspunktet. Jo længere vægtstangsarmen er, jo større trinstørrelsen.
Ved at ændre hovedets vinkel og længden af vægtstangsarmen kan en molekylær motor skifte gear og flytte sit underlag med forskellige hastigheder.