Antallet af protoner i et atom af et grundstof er lig med atomnummeret for det element. Et grundstofs atomnummer er en unik identifikator for det pågældende grundstof og bruges til at bestemme dets position i det periodiske system. For eksempel er brints atomnummer 1, hvilket betyder, at et brintatom har 1 proton i sin kerne. Heliums atomnummer er 2, hvilket betyder, at et heliumatom har 2 protoner i sin kerne, og så videre.