Hydrogenbindinger kan kun dannes, når atomet er involveret i en polær kovalent binding, hvor der er en signifikant forskel i elektronegativitet mellem de bundne atomer. Denne forskel i elektronegativitet skaber en delvis positiv ladning på brintatomet og en delvis negativ ladning på det mere elektronegative atom, hvilket muliggør dannelsen af hydrogenbindinger.