Aminosyrer indeholder også en aminogruppe (-NH2), som er en basisk gruppe. Aminogruppen kan acceptere en hydrogenion (H+), som giver aminosyren en netto positiv ladning. Denne positive ladning er det, der giver aminosyrer deres grundlæggende egenskaber.
Balancen mellem de sure og basiske grupper i aminosyrer bestemmer deres samlede ladning. Ved neutral pH har de fleste aminosyrer en netto negativ ladning, fordi carboxylgruppen er surere end aminogruppen. Men nogle aminosyrer, såsom lysin og arginin, har mere basiske grupper end sure grupper og har derfor en netto positiv ladning ved neutral pH.