Krystalstrukturen af fluor er ansigtscentreret kubisk (fcc). I en fcc-struktur er hvert atom omgivet af tolv andre atomer, der danner et kubisk arrangement. Fluoratomerne er arrangeret i et regelmæssigt, gentaget mønster, hvor hvert atom indtager en bestemt position i krystalgitteret. Denne struktur er almindelig blandt metaller, såsom aluminium, kobber og nikkel, men findes ikke typisk i ikke-metalliske elementer som fluor.