Den intermolekylære binding af methanol er hydrogenbinding. Hydrogenbinding er en dipol-dipol-interaktion, der forekommer mellem et hydrogenatom, der er bundet til et stærkt elektronegativt atom (såsom oxygen, nitrogen eller fluor) og et andet elektronegativt atom. I tilfælde af methanol er hydrogenatomet i hydroxylgruppen bundet til det stærkt elektronegative oxygenatom, hvilket skaber en delvis positiv ladning på hydrogenatomet. Denne delvise positive ladning kan derefter interagere med den delvise negative ladning på et andet oxygenatom i et nærliggende methanolmolekyle og danne en hydrogenbinding.