Hydrogenionpumper bruger ATP til at transportere brintioner gennem en membran, hvilket skaber en protongradient, der driver cellulære processer. Disse pumper indeholder en proteinkanal, der letter bevægelsen af brintioner. Kanalen er dannet af flere aminosyrerester, der beklæder det indre af proteinet og skaber et hydrofilt miljø for passage af hydrogenioner. Disse rester har funktionelle grupper, der kan interagere med hydrogenioner, hvilket gør det muligt for dem at blive transporteret over membranen. Strukturen af kanalen sikrer den specifikke og effektive transport af hydrogenioner, hvilket gør det muligt for pumpen at opretholde protongradienten og understøtte cellulære funktioner.