1. Antibiotika:
* penicilliner: Inhiberer bakteriecellevægssyntese (f.eks. Penicillin G, amoxicillin)
* cephalosporiner: Inhiberer bakteriecellevægssyntese (f.eks. Cefazolin, ceftriaxon)
* makrolider: Inhiberer bakteriel proteinsyntese (f.eks. Erythromycin, azithromycin)
* tetracycliner: Inhiberer bakteriel proteinsyntese (f.eks. Tetracyclin, doxycyclin)
* aminoglycosider: Inhiberer bakteriel proteinsyntese (f.eks. Gentamicin, Tobramycin)
* fluoroquinoloner: Inhiberer bakteriel DNA -replikation (f.eks. Ciprofloxacin, levofloxacin)
2. Antifungale midler:
* azoler: Hæmmer svampe ergosterolsyntese (f.eks. Fluconazol, ketoconazol)
* polyener: Bind til svampecellemembraner (f.eks. Amphotericin B, nystatin)
* echinocandiner: Inhiberer svampecellevægssyntese (f.eks. Caspofungin, Micafungin)
3. Antivirale agenter:
* Nukleosidanaloger: Inhiberer viralt DNA eller RNA -syntese (f.eks. Acyclovir, oseltamivir)
* ikke-nukleosid omvendt transkriptaseinhibitorer (NNRTIS): Inhiber HIV Reverse Transkriptase (f.eks. Efavirenz, Nevirapine)
* Proteaseinhibitorer: Inhiberer viral proteaseaktivitet (f.eks. Ritonavir, Indinavir)
4. Antiparasitiske midler:
* Antimalarials: Inhiberer parasitvækst og udvikling (f.eks. Chlorokin, artemisinin)
* Antiprotozoals: Mål forskellige stadier af parasitlivscyklusser (f.eks. Metronidazol, albendazol)
5. Andre antimikrobielle molekyler:
* jod: Oxiderer og skader bakteriecellemembraner
* chlorhexidin: Forstyrrer bakteriecellemembraner
* Hydrogenperoxid: Producerer reaktive iltarter, der skader bakterieceller
* sølv: Forstyrrer bakterieenzymfunktionen
* alkohol (ethanol og isopropanol): Denaturer bakterielle proteiner
* Phenolics: Forstyrr bakteriecellemembraner
* kvaternære ammoniumforbindelser: Forstyrr bakteriecellemembraner
* Bismuth Subalicylat: Inhiberer bakteriel adhæsion og toksinproduktion
Bemærk: Dette er ikke en udtømmende liste, og der er mange andre antimikrobielle molekyler med forskellige virkningsmekanismer. Udviklingen af nye antimikrobielle stoffer pågår, og nye klasser af molekyler opdages konstant.