Specifikke funktioner af hvert kemikalier, der anvendes i DNA -ekstraktion?

Kemikalier anvendt i DNA -ekstraktion:

1. Lysebuffer:

* funktion: Bryder åbne celler og frigiver DNA.

* komponenter:

* vaskemiddel: Forstyrrer cellemembraner (f.eks. SDS, Triton X-100).

* salt: Hjælper neutralisering af ladede molekyler og stabiliserer DNA (f.eks. NaCl).

* Tris -buffer: Opretholder pH for optimal enzymaktivitet.

* edta: Chelateringsmiddel, der binder til divalente kationer som magnesium, hvilket forhindrer DNA -nedbrydning af DNaser.

2. Proteinase K:

* funktion: Fordøjer proteiner, inklusive histoner, der binder til DNA.

* mekanisme: En serinprotease, der spalter peptidbindinger inden for proteiner.

* Formål: Fjerner proteiner, der kan forstyrre DNA -isolering og oprensning.

3. Phenol/chloroform:

* funktion: Adskiller DNA fra proteiner og andet cellulært affald.

* mekanisme: Phenol denaturer proteiner og gør dem uopløselige, mens chloroform fungerer som en denaturant og hjælper med at adskille de vandige og organiske faser.

* Procedure: Efter kraftig rystelse adskilles blandingen i tre lag:

* Toplag:Vandig fase indeholdende DNA.

* Mellemlag:Interfase indeholdende denaturerede proteiner.

* Nederste lag:Organisk fase indeholdende phenol/chloroform.

* DNA udvindes fra det vandige lag.

4. Ethanol/isopropanol:

* funktion: Udfælder DNA fra opløsning.

* mekanisme: DNA er opløseligt i vand, men uopløselig i ethanol eller isopropanol. Når de tilsættes, reducerer disse alkoholer opløseligheden af DNA, hvilket får det til at udfælde ud af opløsningen.

* Procedure: Efter tilsætning af ethanol eller isopropanol er blandingen centrifugeret for at opsamle DNA -pelleten.

5. TE Buffer:

* funktion: Gen-suspends og gemmer DNA efter ekstraktion.

* komponenter:

* Tris -buffer: Opretholder pH for optimal DNA -stabilitet.

* edta: Chelateringsmiddel, der hæmmer DNaser.

* Formål: Sikrer, at DNA forbliver intakt og beskyttet mod nedbrydning under opbevaring.

6. RNase A:

* funktion: Fjerner RNA -kontaminering.

* mekanisme: Et enzym, der specifikt nedbryder RNA.

* Formål: Sikrer en ren DNA -prøve til nedstrøms applikationer som PCR eller sekventering.

Bemærk: Nogle protokoller kan bruge andre kemikalier som guanidinhydrochlorid eller guanidin -thiocyanat til lysering eller silica -søjler til DNA -binding og oprensning i stedet for phenol/chloroform.