En af de største udfordringer ved genoprettelse af levesteder er fjernelse af ikke-hjemmehørende planter uden at beskadige hjemmehørende planter. Ikke-hjemmehørende planter kan være meget aggressive og kan hurtigt udkonkurrere indfødte planter om ressourcer, såsom vand og sollys. Dette kan føre til et fald i den oprindelige plantebestand og et skift i det samlede plantesamfund.
Derudover kan fjernelse af ikke-hjemmehørende planter også forstyrre jorden, hvilket kan gøre den mere modtagelig for erosion. Dette kan føre til yderligere skader på økosystemet, samt tab af værdifuld muldjord.
En anden bekymring er, at restaureringsprojekter nogle gange kan introducere nye ikke-hjemmehørende planter i økosystemet. Dette kan ske, når de planter, der bruges i restaureringsprojekter, ikke er hjemmehørende i området, eller når de ikke er ordentligt overvåget og kontrolleret. Introduktionen af nye ikke-hjemmehørende planter kan have en ødelæggende indvirkning på det oprindelige plantesamfund, da de hurtigt kan sprede sig og udkonkurrere hjemmehørende planter om ressourcer.
Overordnet set er det vigtigt at afveje de potentielle fordele ved genoprettelse af levesteder mod de potentielle risici. Mens restaureringsprojekter kan være meget gavnlige for miljøet, er det vigtigt at tage skridt til at minimere de potentielle negative påvirkninger på hjemmehørende planter.