For at forstå, hvorfor fødevarer ændrer farve, er det nyttigt at vide, hvorfor de overhovedet har farve.
Farve opstår, når synligt lys interagerer med keglerne i vores øjne, hvilket udløser nervesignaler, som hjernens synscentre fortolker. Vi ser kun lys, der falder inden for vores perceptuelle område (bølgelængder mellem 400 og 700 nanometer, eller violet gennem rødt), og kun hvis det brydes eller reflekteres. Absorberet lys når aldrig vores øjne, men det påvirker de farver, vi opfatter ved at trække bestemte bølgelængder fra det lys, der gør.
Planter antager en række forskellige farver på grund af de naturlige pigmenter i deres celler. Klorofyl a , et pigment almindeligt i fotosyntetiske organismer, absorberer hovedsageligt violet-blå og rød-orange bølgelængder og fremstår grønt, medmindre det er maskeret af andre pigmenter. For at drikke så meget energi som muligt indeholder planter også tilbehørspigmenter som absorberer de spektralområder, som klorofyl a ikke gør. Klorofyl b absorberer for eksempel rød-orange og grønt lys. Andre eksempler på pigmenter i fødevarer omfatter:
Disse pigmenter giver også en af de mest berømte farveændringer i naturen:efterårets ankomst. Anthocyaniner lurer i bladsaften af røde ahorn året rundt, men det er først efter det mere dominerende klorofylpigment er nedbrudt, at de lilla og røde kan skinne igennem.
Men hvad bestemmer hvilke farver disse pigmenter absorberer? Svaret har at gøre med deres molekylære struktur og deres sammensætning. For eksempel er lycopen en isomer af caroten, hvilket betyder, at det har den samme kemiske formel, men en anden struktur. Denne strukturelle forskel er årsag til dets absorptionsmønster.