1. Urgener:I kernen af det cirkadiske ur er en gruppe af urgener, ofte omtalt som "kerne-urgener". Hos pattedyr er de mest velundersøgte urgener Clock (Circadian Locomotor Output Cycles Kaput) og Bmal1 (Brain and Muscle Arnt-Like 1). Disse gener koder for proteiner, der danner et heterodimert kompleks kaldet CLOCK-BMAL1-komplekset.
2. Transcription-Translation Feedback Loop:CLOCK-BMAL1 komplekset fungerer som en transkriptionsfaktor, der regulerer ekspressionen af andre klokgener. Det binder til specifikke DNA-sekvenser kaldet E-bokse inden for promotorerne af disse urgener, hvilket fremmer deres transkription. Blandt generne aktiveret af CLOCK-BMAL1 er Periode (Per) og Cryptochrome (Cry) gener.
3. Negativ feedback-løkke:Efterhånden som PER- og CRY-proteiner akkumuleres, akkumuleres de gradvist i cytoplasmaet og translokerer til sidst tilbage til kernen. I kernen danner de komplekser og hæmmer aktiviteten af CLOCK-BMAL1-komplekset og reducerer derved transskriptionen af Per- og Cry-gener. Denne negative feedback-løkke resulterer i et fald i PER- og CRY-proteinniveauer, hvilket tillader cyklussen at starte forfra.
4. Post-translationel regulering:Ud over transkriptionel regulering påvirkes døgnrytmer også af post-translationelle modifikationer af urproteiner. Disse modifikationer, såsom phosphorylering og ubiquitinering, påvirker stabiliteten, lokaliseringen og aktiviteten af urproteiner, hvilket yderligere bidrager til den præcise timing af den cirkadiske cyklus.
Det er vigtigt at bemærke, at det cirkadiske ur ikke udelukkende er afhængigt af disse kerne-urgener. Andre faktorer, såsom miljøsignaler (f.eks. lys), hormonelle signaler og neuronale input, kan også påvirke timingen og synkroniseringen af døgnrytmer.
Cirkadisk ures bemærkelsesværdige præcision og tilpasningsevne gør det muligt for organismer at forudse og reagere på daglige ændringer i deres miljø, og optimere deres fysiologiske og adfærdsmæssige processer for overlevelse og generelt velvære.