Tidlige mikroskoper havde meget lavere forstørrelsesevne sammenlignet med moderne mikroskoper. Simple mikroskoper, som dem, der blev brugt af Leeuwenhoek, kunne forstørre objekter op til omkring 270 gange. Sammensatte mikroskoper, opfundet i det 16. århundrede, kunne opnå højere forstørrelser, men de var stadig begrænset til omkring 1.000 gange. I dag kan moderne mikroskoper forstørre objekter op til millioner af gange, så vi kan se selv de mindste detaljer i celler og andre mikroskopiske strukturer.
Opløsning
Et mikroskops opløsning refererer til dets evne til at skelne mellem to tætsiddende objekter. Tidlige mikroskoper havde dårlig opløsning, hvilket begrænsede deres evne til at se fine detaljer. Dette skyldtes begrænsningerne af de anvendte linser og lysets bølgelængde. Moderne mikroskoper har på den anden side meget højere opløsning, hvilket giver os mulighed for at se objekter, der kun er få nanometer fra hinanden. Dette er opnået gennem fremskridt inden for linseteknologi, brug af kortere bølgelængder af lys (såsom ultraviolet lys og elektronstråler) og udvikling af nye billeddannelsesteknikker.
Kontrast
Kontrast er en anden vigtig faktor i mikroskopi, da det giver os mulighed for at skelne mellem forskellige dele af en prøve. Tidlige mikroskoper havde begrænset kontrast, hvilket gjorde det vanskeligt at se detaljer i gennemsigtige eller farveløse prøver. Moderne mikroskoper har dog en række forskellige teknikker til at forbedre kontrasten, såsom farvningsteknikker, fasekontrastmikroskopi og differentiel interferenskontrastmikroskopi. Disse teknikker giver os mulighed for at se selv subtile forskelle i brydningsindekset eller tætheden af forskellige dele af en prøve, hvilket giver mere detaljerede billeder.
Billedkvalitet
Tidlige mikroskoper producerede billeder, der ofte var slørede, forvrængede eller fulde af artefakter. Dette skyldtes linsernes begrænsninger, lyskildens kvalitet og manglen på sofistikerede billedbehandlingsteknikker. Moderne mikroskoper producerer på den anden side billeder af høj kvalitet, der er skarpe, klare og fri for forvrængninger. Dette er opnået gennem fremskridt inden for linsedesign, brug af computerstyrede billeddannelsessystemer og udvikling af nye billedbehandlingsteknikker såsom konfokal mikroskopi og superopløsningsmikroskopi.
Automatisering
Tidlige mikroskoper blev manuelt betjent, hvilket krævede en dygtig mikroskopist til at justere linserne, justere fokus og tage billeder. Moderne mikroskoper er derimod ofte automatiserede, hvilket gør dem nemmere at bruge og mere præcise. Automatisering giver mulighed for præcis kontrol af mikroskopets bevægelser, optagelse af flere billeder og behandling og analyse af billederne. Dette har i høj grad forbedret effektiviteten og nøjagtigheden af mikroskopi, hvilket gør den tilgængelig for en bredere vifte af brugere.
Specialisering
Tidlige mikroskoper var instrumenter til generelle formål, der kunne bruges til en række forskellige formål. Moderne mikroskopi er dog blevet højt specialiseret, med forskellige typer mikroskoper designet til specifikke formål. For eksempel er der mikroskoper til at studere levende celler, elektronmikroskoper til billeddannelse af ultrasmå strukturer og scanningprobemikroskoper til måling af overfladetopografi. Denne specialisering har gjort det muligt for mikroskopister at opnå hidtil usete niveauer af detaljer og forståelse inden for deres respektive områder.