Prøveforberedelse: Lysmikroskopi kræver mindre kompleks prøveforberedelse sammenlignet med elektronmikroskopi. Prøver til lysmikroskopi kan ofte observeres i deres naturlige tilstand eller med minimal forberedelse, såsom farvning eller montering. I modsætning hertil skal prøver til elektronmikroskopi ofte gennemgå omfattende behandling, herunder dehydrering, indlejring, sektionering og farvning, hvilket kan introducere artefakter eller ændre prøvens struktur.
Live Cell Imaging: Lysmikroskopi gør det muligt at observere levende celler og væv i realtid. Denne evne er især nyttig til at studere dynamiske processer i celler, såsom celledeling, organelbevægelse og cellulære reaktioner på forskellige stimuli. Elektronmikroskopi kræver på den anden side typisk faste og dehydrerede prøver, hvilket begrænser dens anvendelse til statiske observationer.
Fluorescensmikroskopi: Lysmikroskopi kan kobles med fluorescensteknikker for at visualisere specifikke molekyler eller strukturer i celler. Fluorescerende farvestoffer eller prober kan selektivt binde sig til målmolekyler, hvilket gør det muligt for forskere at undersøge lokalisering, overflod og dynamik af disse molekyler i levende celler. Denne egenskab er meget brugt i cellebiologi, udviklingsbiologi og molekylær billeddannelse. Elektronmikroskopi tilbyder ikke det samme niveau af molekylær specificitet og er afhængig af kontrasterende teknikker til at differentiere cellulære komponenter.
Widefield Imaging: Lysmikroskopi muliggør bredfeltsbelysning, hvilket giver mulighed for observation af større områder af en prøve sammenlignet med elektronmikroskopi. Dette giver mulighed for analyse af vævsarkitektur, cellemorfologi og rumlige forhold mellem forskellige cellulære komponenter på tværs af et større synsfelt.
Omkostninger og tilgængelighed: Lysmikroskoper er generelt mere overkommelige, tilgængelige og brugervenlige sammenlignet med elektronmikroskoper. De kræver mindre specialiseret udstyr, træning og vedligeholdelse, hvilket gør dem mere udbredte i uddannelsesinstitutioner og grundforskningslaboratorier.
Mens elektronmikroskopet tilbyder overlegen opløsning og detaljeret billeddannelse på det ultrastrukturelle niveau, giver lysmikroskopet fordele med hensyn til prøveforberedelse, levende cellebilleddannelse, fluorescensbaserede analyser, bredfeltsobservationer og omkostningstilgængelighed. Begge teknikker supplerer hinanden og spiller væsentlige roller inden for forskellige områder af biologisk forskning.