Ny filmteknik afslører bakteriesignalering i skarpere opløsning

De komplekse signalnetværk, bakterier bruger til at tilpasse sig deres omgivelser, er blevet tydeligere efter ny forskning.

John Innes Center forskere brugte en undersøgelse af plantevækstfremmende bakterie Pseudomonas fluorescens til at udvikle en avanceret analysemetode, som, de håber, vil øge vores evne til at forstå plante- og menneskelige sygdomme.

Indtil for nylig, undersøgelser af bakteriesignalering har tendens til at se på forskellige aspekter af genregulering isoleret. Med udgangspunkt i disse individuelle tilgange, John Innes -teamet brugte en række laboratorier, beregningsmæssige og matematiske teknikker til at integrere data hentet fra flere forskellige mikrobiologiske eksperimenter.

Denne tilgang har gjort dem i stand til at opbygge et omfattende 'signalkort' for det centrale bakterielle protein Hfq, som styrer virulens og stressresponser hos mange klinisk og landbrugsmæssigt vigtige arter.

Dr. Jacob Malone, forklarede projektlederen i forbindelse med arbejdet:"Vores teknik giver os mulighed for at følge hvert gen og protein i en bakteriecelle, og sig, hvordan den ændrer sig, og på hvilket niveau denne ændring sker, som svar på en given signalindgang.

"Vi bruger de samme datasæt som tidligere undersøgelser, men vi har udviklet en måde at integrere dataene ved hjælp af matematik og programmering. Hvis du overvejer de enkelte elementer i en film:fotografering, lydsporet og manuskriptet; ved at kombinere dem får du en hel film - noget større end summen af ​​delene. Dette er det samme princip, kun med genetik. "

Holdets resultater, udgivet i Grænser i mikrobiologi (Analyse af det komplekse lovgivningsmæssige landskab for Hfq - en integrativ, Multi-Omics tilgang, Grenga, L. et al. 2017) lover at ændre den måde, vi undersøger bakterielle signalnetværk på, og vil fremme vores forståelse af, hvordan bakterier interagerer med deres miljøer og formidler infektioner.

"Folk har set på data på mere end et niveau før, men ikke i denne dybde. "sagde Dr. Malone." I sidste ende, vi vil gerne have, at folk overvejer at nærme sig data på denne måde rutinemæssigt, ".