Standardiserede metadata for biologiske prøver kunne frigøre samlingernes potentiale

Vojtěch Brlík fra Institut for Økologi, Det Naturvidenskabelige Fakultet, Charles University og Institute of Vertebrate Biology, Det Tjekkiske Videnskabsakademi opfordrer videnskabsmænd til at dele grundlæggende information om biologiske prøver (metadata) for at sikre deres effektive genbrug på tværs af biologiske discipliner.

Opfordringen til det videnskabelige samfund, offentliggjort i tidsskriftet Nature , er baseret på erfaringerne fra koordineringen af ​​AviSample Networks metadatalager, som i øjeblikket rummer metadata fra mere end 35.000 prøver af næsten 500 fuglearter.

Det videnskabelige samfund har systematisk optimeret forskningsaktiviteterne, og der er en række initiativer, der aktivt forfølger dette mål. Projektet ledet af Brlík skubber disse bestræbelser endnu længere, "Vores initiativ viser, at tilgængeligheden og sporbarheden af ​​grundlæggende information om prøver (såkaldte metadata) har potentialet til at gøre videnskabelig forskning mere effektiv, spare økonomiske og menneskelige ressourcer og diversificere forskerhold. på globalt plan."

Han tilføjer:"Dette initiativ handler ikke om opbevaring af de fysiske prøver eller dataene. Vi er kun interesseret i grundlæggende information om biologiske prøver, forenklet sagt, hvornår, hvor og hvordan prøverne blev indsamlet, og hvordan de opbevares. Deling disse metadata er billige, anvendelige på globalt plan og letter brugen af ​​allerede indsamlede prøver, hvilket gavner både prøveejere og de forskere, der vil bruge dem."

Princippet om at dele prøvemetadata og genbruge eksisterende prøver er fordelagtigt på mange måder. Centraliseret og standardiseret rapportering af prøvemetadata gør det nemt at se, hvilke prøver der er tilgængelige i øjeblikket, uden at kræve kommunikation med kolleger eller bekostelig indsamling af nye prøver.

Deling af metadata kan derfor strømline videnskabelige aktiviteter, især i mindre udforskede områder, der er vanskelige at få adgang til, og samtidig styrke nøglesamarbejdet med lokale videnskabsfolk. Tilsvarende vil rapportering af prøvemetadata hjælpe videnskabsmænd, hvis forskning fokuserer på truede arter eller store rumlige skalaer.

"Den første idé til dette initiativ blev opfundet under mine ph.d.-studier, da jeg ledte efter fjerprøver, der stammede fra et stort område i Afrika syd for Sahara. Jeg havde prøver fra vores forskergruppe, men jeg havde brug for at udvide datasættet betydeligt.

"Vi skrev til kolleger i Sverige og Schweiz, som vi havde mistanke om havde lignende prøver fra andre steder i Afrika. Og heldigvis viste det sig, at de faktisk havde dem. Selvom de primært indsamlede prøverne til et helt andet formål, har vi formået at dække en stor del af Afrika syd for Sahara gennem denne fælles indsats, som ikke ville have været mulig uden et samarbejde med kolleger," siger Brlík og beskriver oprindelsen af ​​det aktuelle projekt.

I 2022 oprettede Brlík og et team af kolleger (især Pavel Pipek fra Institut for Økologi, Det Naturvidenskabelige Fakultet, Charles University og Petr Procházka fra Institute of Vertebrate Biology i CAS) AviSample Networks metadatalager. I denne database kan ornitologer nu indtaste metadata for fugleprøver, dvs. hvor, hvornår og hvordan prøven blev indsamlet, fra hvilke fuglearter og hvordan disse prøver opbevares.

Databasen indeholder i øjeblikket information om næsten 500 fuglearter, og metadata for mere end 35.000 prøver er tilgængelige. Depotet har en række ambassadører, som er med til at udbrede initiativet i deres regioner.

"Et af eksemplerne på genbrug af eksisterende prøver, der er muliggjort ved at dele metadata, er B10K-projektet. Dette projekt har til formål at undersøge genomerne for alle 10.000 fuglearter, som projektkoordinatorerne primært indsamler fra museer.

"Men for sjældne arter og arter, der forekommer i undersøgte områder (f.eks. troper), er det ikke let at få prøver. Deling af metadata af prøver gemt i forskernes samlinger har gjort det muligt at bruge eksisterende prøver indsamlet i Afrika og Europa, til dette store -skala projekt," beskriver Brlík.

I en korrespondance offentliggjort i hans artikel viser Brlík, ved at bruge AviSample Network som eksempel, at deling af metadata letter genanvendelse af eksisterende prøver gemt i forskernes samlinger og har dermed et enormt potentiale.

"Jeg sigter mod at tage dette initiativ og ændre opfattelsen til et globalt niveau og vise, at deling af prøvemetadata har potentialet til at fremme effektiviteten af ​​videnskabelige aktiviteter på tværs af biologiske discipliner," konkluderer Brlík.

Flere oplysninger: Vojtěch Brlík, Standardiserede metadata for biologiske prøver kunne frigøre potentialet for samlinger, Natur (2024). DOI:10.1038/d41586-024-01421-w

Journaloplysninger: Natur

Leveret af Charles University