Bakterier kan have spillet en rolle i flere af disse nøgleinnovationer. For eksempel kan bakterielle biofilm, som er grupper af bakterier, der klæber til en overflade, have givet en model for udviklingen af celle-celle-adhæsion og kommunikation i tidlige flercellede organismer. Nogle bakterier producerer også signalmolekyler, der kan påvirke andre cellers adfærd, hvilket kan have bidraget til udviklingen af intercellulær signalering i flercellede organismer.
Ydermere foreslår den endosymbiotiske teori, at nogle organeller i eukaryote celler, såsom mitokondrier og kloroplaster, udviklede sig fra fritlevende bakterier, der blev opslugt af tidlige eukaryote celler og dannede et symbiotisk forhold. Denne endosymbiotiske begivenhed kan have været afgørende for udviklingen af eukaryote celler, som er byggestenene i flercellede organismer.
Mens bakteriers nøjagtige rolle i udviklingen af flercellet liv stadig diskuteres, er det klart, at de kan have spillet en væsentlig rolle i flere nøgleinnovationer, der var nødvendige for denne overgang.
Sammenfattende, mens bakteriernes rolle i udviklingen af flercellet liv er kompleks, har de sandsynligvis bidraget til flere nøgleinnovationer, der var nødvendige for denne overgang, såsom celle-celleadhæsion, celle-celle-signalering og den endosymbiotiske oprindelse af organeller i eukaryote celler.