Planter er vært for et indviklet og mangfoldigt mikrobiom, der omfatter en bred vifte af mikroorganismer, der findes i og på planten. Disse plantemikrobiomer er mangefacetterede samfund, der omfatter et væld af bakterier, arkæer, svampe, protister og vira, der hver især interagerer med planten på unikke måder. De spiller afgørende roller i forskellige aspekter af plantebiologi, herunder næringsstofoptagelse, sygdomsresistens, miljømæssig stressrespons og overordnet plantesundhed.