Hvordan proteiner binder 'skjult' DNA

1. DNA-bøjning: Proteiner kan inducere bøjninger i DNA-dobbelthelixen, som kan afsløre skjulte DNA-sekvenser. Dette kan opnås ved proteiner, der binder til specifikke DNA-sekvenser og inducerer en konformationel ændring i DNA-strukturen, eller ved proteiner, der binder til DNA-rygraden og inducerer en bøjning i DNA'et uden sekvensspecificitet.

2. DNA-looping: Proteiner kan bringe fjerne DNA-sekvenser tæt på hinanden ved at sløjfe DNA'et. Dette kan opnås ved proteiner, der binder til to forskellige DNA-sekvenser og bringer dem sammen, eller ved proteiner, der binder til en enkelt DNA-sekvens og inducerer en løkke i DNA'et.

3. DNA-smeltning: Proteiner kan smelte DNA-dobbelthelixen, som kan afsløre skjulte DNA-sekvenser. Dette kan opnås ved proteiner, der binder til specifikke DNA-sekvenser og forstyrrer hydrogenbindingerne mellem DNA-baseparrene, eller ved proteiner, der binder til DNA-rygraden og inducerer en konformationel ændring i DNA-strukturen, der fører til smeltning.

4. DNA-afvikling: Proteiner kan afvikle DNA-dobbelthelixen, som kan afsløre skjulte DNA-sekvenser. Dette kan opnås ved proteiner, der binder til specifikke DNA-sekvenser og afvikler DNA'et på en sekvensspecifik måde, eller ved proteiner, der binder til DNA-rygraden og inducerer en konformationel ændring i DNA-strukturen, der fører til afvikling.

5. Andre mekanismer: Ud over disse mekanismer kan proteiner også binde til skjulte DNA-sekvenser ved andre mekanismer, såsom ved at interkalere mellem DNA-basepar, ved at binde til DNA-modifikationer eller ved at interagere med andre proteiner, der er bundet til DNA.

Den specifikke mekanisme, hvorved et protein binder til skjult DNA, afhænger af proteinets struktur og funktion, samt DNA-sekvensen og strukturen.