En af TLR'erne, TLR9, udtrykkes i immunceller såsom makrofager og dendritiske celler. TLR9 genkender specifikt umethyleret CpG DNA, som almindeligvis findes i bakterielle og virale genomer, men ikke i pattedyrs DNA. Dette gør det muligt for TLR9 at skelne mellem fremmed- og selv-DNA og udløse et immunrespons mod invaderende patogener.
Når TLR9 detekterer umethyleret CpG-DNA, binder det til DNA'et og gennemgår en konformationsændring, der fører til aktivering af intracellulære signalveje. Disse veje resulterer i produktionen af inflammatoriske cytokiner og kemokiner, som rekrutterer immunceller til infektionsstedet og fremmer elimineringen af patogenet.
Ud over sin rolle i at påvise fremmed DNA, kan TLR9 også skelne mellem selv- og ikke-selv-DNA gennem genkendelse af DNA-methyleringsmønstre. Pattedyrs-DNA er typisk stærkt methyleret, især ved CpG-dinukleotider. Denne methylering forhindrer TLR9 i at binde sig til eget DNA og udløse et immunrespons.
Derfor spiller TLR9 en afgørende rolle i det medfødte immunsystem ved at skelne mellem fremmed- og selv-DNA. Det opnår dette ved at genkende specifikke molekylære mønstre i mikrobielt DNA, initiere et immunrespons mod patogener, mens det tolererer selv-DNA for at undgå autoimmune reaktioner.