Forskere udvikler en onlineportal for at vise, hvordan skævheder i RNA-sekvenser påvirker genekspression

Forskere ved University of California, San Diego har udviklet en onlineportal kaldet ORION (Oligo-Ribo targetING), der giver brugerne mulighed for at udforske, hvordan skævheder i RNA-sekvenser påvirker genekspression. Værktøjet kan hjælpe videnskabsmænd med bedre at forstå, hvordan forskellige faktorer, såsom mutationer eller ændringer i miljøforhold, kan ændre genekspression og bidrage til sygdom.

RNA-sekventering er en meget brugt teknik i molekylærbiologi, der gør det muligt for forskere at profilere ekspressionsniveauerne af gener i en biologisk prøve. Imidlertid kan den nøjagtige fortolkning af RNA-seq-data være udfordrende på grund af forskellige skævheder, der kan opstå under processen.

Disse skævheder kan stamme fra de iboende karakteristika af RNA-molekyler, såsom deres sekvenssammensætning og kemiske modifikationer, såvel som fra tekniske faktorer relateret til bibliotekets forberedelse og sekventeringsmetoder. Som et resultat heraf kan visse RNA-sekvenser fortrinsvis amplificeres eller undertrykkes under RNA-seq-processen, hvilket fører til unøjagtige genekspressionsmålinger.

For at løse dette problem udviklede forskere ved UC San Diego ORION, en online platform, der integrerer data fra flere kilder for at give en omfattende forståelse af RNA-sekvensforstyrrelser. Værktøjet giver brugerne mulighed for at udforske de potentielle virkninger af disse skævheder på genekspressionsmønstre og identificere områder af RNA-sekvensen, der er særligt modtagelige for disse skævheder.

Forskerne demonstrerede nytten af ​​ORION ved at analysere RNA-seq-data fra både raske celler og kræftceller. De fandt ud af, at ORION effektivt kunne identificere områder af RNA-sekvensen, der var skæve på grund af mutationer eller ændringer i miljøforhold, og derved muliggøre en mere nøjagtig fortolkning af RNA-seq-dataene.

Derudover kan ORION hjælpe forskere med at optimere deres RNA-seq eksperimentelle design ved at foreslå RNA-sekvensregioner, der er mindre tilbøjelige til at blive påvirket af skævheder, hvilket fører til mere pålidelige og reproducerbare genekspressionsmålinger.

Samlet set giver ORION-portalen en værdifuld ressource for forskere, der studerer genekspression ved hjælp af RNA-seq. Værktøjet bidrager til at fremme vores forståelse af virkningen af ​​RNA-sekvensforstyrrelser og giver mulighed for mere nøjagtig og pålidelig analyse af RNA-seq-data.