En hypotese, kendt som svælgbueteorien, antyder, at kæberne udviklede sig fra modificerede svælgbuer, som er strukturer, der understøtter gællerne i fisk. Ifølge denne teori udviklede nogle gamle fiskearter modifikationer i deres svælgbuer, hvor de forreste buer blev mere udførlige og dannede kæbelignende strukturer. Med tiden blev disse buer mere og mere mobile og i stand til at gribe og bide, hvilket til sidst førte til udviklingen af ægte kæber.
En anden hypotese, kaldet neural crest-teorien, foreslår, at kæberne stammer fra neurale crest-celler. Neural crest celler er en gruppe af embryonale celler, der migrerer fra neuralrøret og bidrager til udviklingen af forskellige strukturer i hovedet, herunder kæberne. Ifølge denne teori spillede neurale kamceller en afgørende rolle i dannelsen og udviklingen af kæbestrukturer, hvilket gav de nødvendige cellulære komponenter og signalmolekyler til kæbeudvikling.
Udviklingen af kæber hos hvirveldyr muliggjorde et betydeligt skift i fodringsstrategier, hvilket gjorde det muligt for hvirveldyr med kæber at udnytte en bredere vifte af fødekilder og diversificere deres kostvaner. Kæber spillede også en afgørende rolle i udviklingen af hvirveldyrs bevægelse, da de gav større kontrol og manøvredygtighed under svømning og terrestrisk bevægelse. Derudover lettede udviklingen af kæber udviklingen af mere komplekse sanseorganer og hjernestrukturer, hvilket førte til øget sanseopfattelse og kognitive evner.
Samlet set repræsenterer den evolutionære oprindelse af kæber hos hvirveldyr en afgørende begivenhed, der formede historien og succesen for kæbehvirveldyr, hvilket bidrog til deres dominans og diversificering i forskellige habitater og økosystemer.