Genom-sekventering afslører, hvordan salmonella udskiller en niche inden for svinekødsproduktion

Abstrakt:

Salmonella enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium) er et vigtigt fødevarebåren patogen, der kan forårsage alvorlig gastroenteritis hos mennesker. Gris er et vigtigt naturligt reservoir og en væsentlig kilde til humane salmonelloseinfektioner verden over. At forstå det genetiske grundlag for S. Typhimurium-tilpasning og kolonisering i grisen er nøglen til at udvikle effektive interventioner til at kontrollere salmonella i svinekødsproduktionssystemer og reducere infektioner hos mennesker. I denne undersøgelse udførte vi helgenomsekventering af 200 S. Typhimurium-isolater opnået fra forskellige kilder langs svinekødsproduktionskæden inklusive svinefarme, slagterier og svinekødsprodukter. Komparativ genomisk analyse afslørede tilstedeværelsen af ​​forskellige genomiske varianter forbundet med hvert trin i produktionskæden, hvilket fremhævede bakteriernes evne til at tilpasse sig de forskellige miljøforhold. Isolater, der huser specifikke virulensgener, såsom dem involveret i intestinal invasion og systemisk spredning, viste sig at være mere udbredt hos grise end i andre kilder, hvilket indikerer den selektive fordel ved disse gener for overlevelse og persistens i værten. Derudover identificerede vi genomiske øer unikke for S. Typhimurium-isolater fra grise, som kunne bidrage til deres tilpasning og kolonisering i denne værtsart. Disse resultater giver ny indsigt i de genetiske mekanismer for salmonellaværts tilpasning og persistens og identificerer potentielle mål for at kontrollere salmonella i svinekødsproduktionen og reducere risikoen for infektion hos mennesker.