Slicer Ago-proteiner (Ago2): Ago2 er det primære Argonaute-protein på skæreværktøjet hos mennesker. Den indeholder et PAZ (Piwi/Argonaute/Zwille) domæne, der binder til 3'-enden af små interfererende RNA'er (siRNA'er) eller mikroRNA'er (miRNA'er), og et PIWI domæne, der spalter mål-mRNA'et. Ago2-medieret mRNA-spaltning fører til nedbrydning af mRNA'et og dæmpning af genekspression.
Non-slicer Ago-proteiner (Ago1, Ago3 og Ago4): Ago1, Ago3 og Ago4 mangler den katalytiske aktivitet, der kræves til mRNA-spaltning. I stedet fungerer de som guider for miRNA'er og siRNA'er, og dirigerer dem til deres mål-mRNA'er. Disse ikke-slicer Ago-proteiner kan også interagere med andre proteiner for at regulere genekspression gennem mekanismer, der ikke involverer mRNA-spaltning.
Valget af, om et mRNA-molekyle skal udskæres eller ej, afhænger af det involverede specifikke Argonaute-protein og den cellulære kontekst. Generelt er Ago2 ansvarlig for udskæring af mRNA'er, der er målrettet af siRNA'er, mens Ago1, Ago3 og Ago4 guider miRNA'er til deres mål-mRNA'er og regulerer genekspression gennem ikke-skæringsmekanismer.