Offentliggørelsen af genomsekvensen af tøndelæge (Medicago truncatula) åbner vejen for komparative genomiske analyser, der adresserer den evolutionære diversificering af kernekomponenterne i planterodsendosymbiose. Vores fylogenetiske og genfamilieudviklingsanalyser tyder på den uafhængige fremkomst af gener, der er afgørende for etableringen af rhizobium-bælgplantesymbiosen fra forfædres funktioner. De fleste af disse "nyskabende" gener har homologer i den ikke-bælgplante dicot Arabidopsis thaliana og kan derfor repræsentere evolutionære tilpasninger snarere end nyheder strengt begrænset til Rhizobiales-legumes associationen. I modsætning hertil blev medlemmer af en essentiel symbiose-genfamilie identificeret unikt i kerne eudicots og bælgplanter involveret i rhizobiale interaktioner, hvilket peger på deres co-evolution inden for disse afstamninger. Vores analyser afdækker rollen af et genomisk "værktøjssæt", der indeholder både nyrekruterede og langvarige genkomponenter af planteendosymbiose, som kaster nyt lys over de evolutionære og genetiske baser for bælgplantetilpasning til rhizosfærens forhold.