Fraværet af en nuklear kappe i prokaryoter forhindrer ikke cellen i at kontrollere genekspression ved at modificere RNA efter transkription. Prokaryoter har flere mekanismer til at kontrollere genekspression på RNA-niveau, herunder RNA-redigering, RNA-stabilitetskontrol og translationsregulering. For eksempel er riboswitches regulerende RNA-sekvenser, der kan binde til små molekyler og kontrollere genekspression ved at ændre strukturen af RNA-molekylet og påvirke dets translation. Derudover bruger CRISPR-Cas-systemer RNA-styrede nukleaser til at redigere eller spalte RNA-molekyler, hvilket giver en anden mekanisme til at kontrollere genekspression i prokaryoter.