Hjernestammen, også kendt som den nedre hjerne, forbinder hjernen med rygmarven. Den består af medulla oblongata, pons og mellemhjernen. Medulla oblongata styrer flere væsentlige kropsfunktioner, såsom hjertefrekvens, vejrtrækning og synke. Pons videresender beskeder mellem hjernen og medulla og hjælper også med at kontrollere vejrtrækningen. Mellemhjernen er involveret i flere funktioner, herunder motorisk kontrol, syn og hørelse.
Cerebellum:
Lillehjernen er placeret bagerst i hjernen, under storhjernen. Den er ansvarlig for at koordinere og regulere bevægelse. Lillehjernen hjælper med at opretholde balance, kropsholdning og koordination af frivillige bevægelser. Det spiller også en rolle i motorisk indlæring og hukommelse.