Organismer, der er mindre end lysets diffraktionsgrænse, kan ikke ses ved hjælp af et sammensat mikroskop. Diffraktionsgrænsen er minimumsstørrelsen af et objekt, der kan opløses af et mikroskop, og den bestemmes af bølgelængden af det anvendte lys og den numeriske blænde på objektivlinsen. Diffraktionsgrænsen for synligt lys er omkring 200 nanometer (nm), hvilket betyder, at genstande mindre end dette ikke kan ses med et sammensat mikroskop. Mange bakterier, vira og andre mikroorganismer er mindre end 200 nm, så de kan ikke ses med et sammensat mikroskop.