Mikrobiel taksonomi:Fra domæner til arter – en moderne guide

I det 19. århundrede var taksonomi - klassificeringen af levende organismer - et centralt fokus i biologien. Mens naturforskere havde travlt med at katalogisere biller og andre makroskopiske arter, blev mikroorganismer stort set overset. Siden da har fremskridt inden for mikroskopi, molekylærbiologi og genomik dramatisk udvidet vores forståelse af mikrobielt liv og forfinet måden, vi klassificerer det på.

Komponenter af taksonomi

Moderne taksonomi bygger på tre kernesøjler:

• Nomenklatur – tildeling af et unikt, standardiseret navn til hver organisme.
• Klassificering – gruppering af organismer i hierarkiske kategorier baseret på fælles træk, som kan være morfologiske, biokemiske eller genetiske.
• Identifikation – at bestemme, hvor en given prøve passer ind i klassifikationstræet ved hjælp af diagnostiske funktioner.

Det taksonomiske hierarki spænder fra den bredeste rang, domænet , ned til den mest specifikke, arten . Rækkefølgen er:domæne, rige, phylum, klasse, orden, familie, slægt, art. For eksempel er den menneskelige afstamning Eukarya> Animalia> Chordata> Mammalia> Primater> Hominidae> Homo> sapiens.

Mikroorganismer og domæner

Mikroorganismer er defineret af deres lille størrelse snarere end nogen bestemt struktur eller funktion. De spænder over alle tre livsdomæner:Bakterier, Archaea og Eukarya. Både Bakterier og Archaea omfatter udelukkende enkeltcellede, prokaryote organismer, der mangler en kernemembran. Derfor er ethvert rige, slægt, klasse, orden, familie, slægt og art inden for disse domæner en mikroorganisme.

Encellede protister

Inden for Eukarya-domænet er kongeriget Protista forbeholdt encellede organismer, der besidder en ægte kerne. Protister er grupperet i tre store phyla:alger (fire phyla), protozoer (fire phyla) og skimmelsvampe (to phyla). Hver protist er en mikroskopisk eukaryot, selvom mange eukaryoter – såsom træer og mennesker – er flercellede og betragtes ikke som protister.

Mikroskopiske svampe

Kongeriget Svampe, også inden for Eukarya, omfatter flere mikrobielle phyla. For eksempel indeholder Zygomycota mikroskopiske brødforme, mens Ascomycota inkluderer gær, plantepatogener og parasitter. Lav illustrerer de komplekse relationer, der kan opstå, da de er symbiotiske samlinger af en svamp og en fotosyntetisk partner - ofte spænder over flere riger eller endda domæner.