1. marine organismer: Den mest almindelige kilde er skeletresterne af marine organismer , primært:
* koraller: Koraller bygger deres skeletter fra calciumcarbonat.
* foraminifera: Disse små, enkeltcellede organismer har også calciumcarbonatskaller.
* bløddyr: Bløddyr som muslinger, østers og snegle har skaller sammensat af calciumcarbonat.
* Andre marine organismer: Mange andre marine væsener, som alger og nogle plankton, producerer også calciumcarbonatskaller eller skeletter.
2. Kemisk nedbør: Calciumcarbonat kan også dannes direkte fra nedbør af opløst calcium- og carbonationer i havvand. Denne proces er mindre almindelig end ophobning af marine organisme forbliver, men den bidrager stadig til dannelse af kalksten.
Disse to kilder, marine organismer og kemisk nedbør, kan kombineres for at danne kalksten over millioner af år. Akkumulering af lag af disse calciumcarbonatrige materialer danner den sedimentære klippe, vi kender som kalksten.