Ny beregningsmetode til lægemiddelopdagelse

HITS-forskere udviklede tauRAMD, et værktøj til at forudsige opholdstider for narkotikamål ud fra korte simuleringer. Metoden er illustreret på forsiden af ​​juli 2018-udgaven af ​​Journal of Chemical Theory and Computation, software er frit tilgængeligt.

Designet af et lægemiddel med en ønsket virkningsvarighed, enten lang eller kort, er normalt en kompliceret og dyr trial-and-error-proces kun styret af en blanding af ekspertintuition og serendipity. En af de parametre, der påvirker lægemiddeleffektiviteten, er levetiden af ​​det kompleks, der dannes mellem et lægemiddel og dets målprotein, hvis funktion skal ændres, f.eks. hæmmet. I praksis, mange mulige kemiske forbindelser skal syntetiseres og derefter testes for at finde en passende lægemiddelkandidat.

Nem metode og høj ydeevne

Som en del af Kinetics for Drug Discovery (K4DD)-projektet støttet af EU/EFPIA Innovative Medicines Initiative Joint Undertaking, forskere ved gruppen Molecular and Cellular Modeling (MCM) ved Heidelberg Institute for Theoretical Studies (HITS) udviklede en beregningseffektiv og letanvendelig metode til at forudsige den relative levetid for komplekser af et målprotein med forskellige lægemiddelkandidater. Forskerne demonstrerede den høje prædiktive ydeevne af beregningsmetoden ved hjælp af eksperimentelle data målt af samarbejdspartnere ved Merck KGaA (Darmstadt), Sanofi-Aventis Deutschland (Frankfurt am Main), og Sanofi R&D (Vitry-sur-Seine, Frankrig).

Metoden, kaldet tauRAMD (opholdstid, tau, estimering ved hjælp af Random Acceleration Molecular Dynamics-simuleringer) er udviklet for at gøre det nemt at bruge og gør det muligt at beregne lange opholdstider med korte simuleringer. Det er med succes blevet anvendt på forskellige sæt af forbindelser, der binder en række terapeutisk vigtige målproteiner. Softwaren er gratis tilgængelig på www.h-its.org/downloads/ramd/.