Udgravning af sød kartoffel proteom

Den søde, stivelsesholdige orange søde kartofler er velsmagende og nærende ingredienser til fritter, gryderetter og tærter. Selvom mennesker har dyrket søde kartofler i tusinder af år, videnskabsmænd ved stadig ikke meget om proteinsammensætningen af ​​disse knolde. I ACS' Journal of Proteome Research , forskere har analyseret proteomet af søde kartoffelblade og rødder, og i processen, har afsløret ny indsigt i plantens genom.

Den søde kartoffel ( Ipomoea batatas , Lam.) er en basisfødevare i nogle dele af verden, ud over at blive brugt til dyrefoder og industriprodukter, såsom biobrændstoffer. Planten har et overraskende komplekst genom, koder for flere forudsagte gener end det menneskelige genom. Sød kartoffel har også en kompleks kemisk sammensætning, med et lavt proteinindhold i rødderne (den del, som folk spiser) og mange sekundære metabolitter i bladene, gør det vanskeligt at udvinde tilstrækkelige mængder proteiner til analyse. Sorina og George Popescu og kolleger ønskede at se, om en "proteogenomics"-tilgang - analysering af både protein og genetiske data sammen - kunne hjælpe dem med at få en bedre forståelse af sammensætningen af ​​søde kartoffelrødder og -blade.

Holdet udtog proteiner fra rod- og bladprøver ved hjælp af to forskellige metoder og skar dem i peptider, som de analyserede med væskekromatografi og massespektrometri. Forskerne identificerede 3, 143 unikke proteiner fra søde kartoffelblade og 2, 928 fra rødderne. Da de sammenlignede de proteomiske data med genomet af den søde kartoffel, de identificerede nogle regioner i den offentliggjorte genomsekvens, hvor deres data kunne give forbedret information. For eksempel, analysen forudsagde 741 nye proteinkodende regioner, som tidligere ikke blev anset for at være gener. Gruppen siger, at resultaterne kan bruges til yderligere at karakterisere og biofortificere knolden.