Hvad er funktionen til at spore farvestof i gelelektroforese?

Gelelektroforese er en måde at adskille DNA-fragmenter efter deres størrelse. Du tilføjer sporingsfarvestof til hver DNA-prøve for at hjælpe dig med at se prøven og til at spore fremskridtene i DNA-fragmenterne gennem gelen.

Betydning

At adskille fragmenter af DNA med det formål at måler deres størrelse eller isolerer et bestemt fragment, sætter forskere DNA i en agarosegel nedsænket i en opløsning, der er opladet med en elektrisk strøm. Strømmen skubber DNA-fragmenterne igennem gelen, og fordi gelen er porøs, danner mindre DNA-fragmenter sig hurtigere. De rejser længere end større fragmenter i samme tid.

Formål

DNA er farveløst, når det er i opløsning i et reagensglas. For at gøre prøven lettere at se, både i reagensrøret og i gelen, tilføjer du et farvet sporingsfarvestof til prøven. Farvestoffet har ingen indflydelse på DNA'et.

Sporing

Det sædvanlige sporingsfarvestof er bromphenolblåt i en 50% glycerolopløsning. Bromfenolblå farver prøven lyse blå, så det er let at spore dens fremskridt gennem gelen. Når sporingsfarvestoffet har rejst omkring 3/4 af gelens længde, er det tid til at slukke for den elektriske strøm.

Densitet

Sporfarvestoffet er tæt på grund af dets høje koncentration af glycerol. Derved får DNA-prøverne synke ind i gelens ladningspor, snarere end at flyde væk i opløsningen over den gel, der bærer den elektriske strøm.

Farvemigration

Bromphenolblåt migrerer gennem en agarose opløsning ved ca. samme hastighed som en DNA-streng indeholdende 300 basepar. Hvis du vil spore fremskridt med større DNA-tråde, kan du bruge et sporingsfarvestof med xylencyanol, som migrerer med omtrent samme hastighed som en DNA-streng med 4.000 basepar.