Nogle af de potentielle forurenende stoffer fundet i Indian River Lagoon omfatter:
* Næringsstoffer: Overskydende næringsstoffer fra gødning og spildevand kan føre til algeopblomstring og andre vandkvalitetsproblemer. Algeopblomstring kan producere giftstoffer, der kan være skadelige for mennesker og dyreliv.
* Bakterier: Bakterier fra menneske- og dyreaffald kan forurene lagunen og forårsage mave-tarmsygdomme hos mennesker, der kommer i kontakt med vandet.
* Pesticider: Pesticider, der bruges i landbrug og plænepleje, kan også forurene lagunen og udgøre en sundhedsrisiko for mennesker og dyreliv.
* Tungmetaller: Tungmetaller som bly og kviksølv kan ophobes i væv hos fisk og andre vandlevende organismer og kan udgøre en sundhedsrisiko for mennesker, der indtager disse organismer.
FDEP anbefaler, at folk altid bør følge de seneste sundhedsråd, når de svømmer, fisker eller deltager i andre aktiviteter i Indian River Lagoon. Afdelingen opfordrer også folk til at tage skridt til at reducere deres miljøpåvirkning, såsom at bruge gødning og pesticider sparsomt og korrekt bortskaffelse af menneske- og dyreaffald.