En ting, som formen af et molekyle kan påvirke, er dets polaritet. Polaritet refererer til fordelingen af elektrisk ladning i et molekyle. Et molekyle er polært, hvis det har en positiv ende og en negativ ende. Formen på et molekyle kan afgøre, om det er polært eller ej. For eksempel er et lineært molekyle, såsom kuldioxid, upolært, fordi de positive og negative ladninger er jævnt fordelt i hele molekylet. Et bøjet molekyle, såsom vand, er dog polært, fordi oxygenatomet er mere elektronegativt end brintatomerne, hvilket får molekylet til at have en positiv ende og en negativ ende.