Funktionelle grupper kaldes det, fordi de bibringer en karakteristisk kemisk funktion til det organiske molekyle, de er knyttet til. Denne unikke reaktivitet stammer fra de specifikke kemiske egenskaber af de atomer, der er til stede i den funktionelle gruppe. Forskellige funktionelle grupper kan give anledning til forskellige funktionelle egenskaber, som ændrer molekylets opløselighed, surhed, basicitet eller deltagelse i forskellige kemiske reaktioner. De styrer i det væsentlige de molekylære interaktioner og bestemmer den overordnede kemiske opførsel af organiske forbindelser.
Udtrykket "funktionel gruppe" angiver, at tilstedeværelsen af disse specifikke grupper muliggør karakteristiske kemiske funktionaliteter og reaktioner. Deres karakteristiske egenskaber muliggør selektiv målretning og modifikation af molekyler under kemisk syntese, lægemiddeldesign eller materialeudvikling. Funktionelle grupper kan gennemgå specifikke reaktioner, der kan forudsiges og udnyttes, hvilket gør dem til væsentlige komponenter i forståelse og design af organiske molekylers adfærd.