Antallet af protoner i et atom bestemmes af dets atomnummer, som er unikt for hvert grundstof. For eksempel har brint et atomnummer på 1, hvilket betyder, at det har en proton i sin kerne. Kulstof har et atomnummer på 6, hvilket betyder, at det har seks protoner i sin kerne.
Antallet af elektroner i et atom er lig med antallet af protoner, så brint har en elektron og kulstof har seks elektroner. Disse elektroner er arrangeret i skaller omkring kernen, hvor den inderste skal er tættest på kernen.
Den yderste skal af elektroner kaldes valensskallen, og antallet af elektroner i valensskallen bestemmer et atoms kemiske egenskaber. Atomer med en fuld valensskal er stabile og reagerer ikke let, mens atomer med en ufuldstændig valensskal er reaktive og har tendens til at danne kemiske bindinger med andre atomer for at fuldende deres valensskal.