Et atom af ruthenium (Ru) indeholder 44 protoner og 44 elektroner. Antallet af protoner i kernen af et atom bestemmer dets atomnummer og identificerer grundstoffet. Ruthenium har et atomnummer på 44, hvilket betyder, at hvert atom af ruthenium indeholder 44 positivt ladede protoner. For at opretholde elektrisk neutralitet skal et atom have lige mange positivt ladede protoner og negativt ladede elektroner. Derfor indeholder et atom af ruthenium også 44 negativt ladede elektroner.