Sådan fungerer det:
1. Lysabsorption: Lysenergi absorberes af klorofylmolekyler inden for PSII.
2. excitation: Denne absorberede lysenergi begejstrer elektroner inden for chlorophyllmolekylerne, hvilket øger dem til et højere energiniveau.
3. vandopdeling: De ophidsede elektroner overføres derefter til et specielt molekyle kaldet "reaktionscenter" af PSII. For at erstatte disse mistede elektroner bruger PSII lysenergi til at opdele vandmolekyler i:
* ilt (O2): Dette frigives som et biprodukt af fotosyntesen.
* hydrogenioner (H+): Disse bidrager til den protongradient, der blev anvendt til ATP -syntese.
* Elektroner: Disse elektroner er dem, der erstatter de ophidsede elektroner, der oprindeligt blev tabt fra chlorophyll.
Derfor stammer de ophidsede elektroner, der flyder gennem PSII, i sidste ende fra vandmolekyler.